La minéralisation de la matière organique produit des éléments simples, les seuls qui soient assimilables par les plantes. Elle est le fruit de la décomposition de la matière organique par des mécanismes biologiques et des réactions chimiques qui aboutissent à la transformation des composés organiques complexes en composés minéraux simples.
La vitesse de dégradation dépend entre autres de la disponibilité en azote. Les microorganismes ont en effet besoin d’azote pour dégrader le carbone : lorsque les résidus à décomposer présentent un rapport C/N (rapport entre la quantité de carbone total et la quantité d’azote total) faible, les microorganismes ne prélèvent pas d’azote dans le milieu. Par contre, lorsqu’une quantité importante de résidus à C/N élevé est enfouie, ils prélèvent de l’azote dans le sol pour leur propre métabolisme, pouvant, dans certaines conditions, devenir concurrents du peuplement végétal cultivé pour l’azote (« faim d’azote »).
L’azote organique des fumiers de volailles se minéralise rapidement : 30 à 80 % de l’azote organique apporté est minéralisé au cours des premiers mois voire des premières semaines. Ces produits doivent donc être apportés peu de temps avant les périodes d’absorption des cultures. Les fumiers de bovins ont un rythme de minéralisation intermédiaire : entre 20 et 40 % de l’azote organique apporté se minéralise progressivement au cours de la campagne suivant l’apport.
